Mysterious Skin er basert på Scott Heims bejublede roman av samme navn. Det er historien om to unge amerikanske gutter, Brian og Neil. Brian er besatt av muligheten av at han ble bortført av en UFO, Neil lever et farlig liv som prostituert i New York. Når de treffes, oppdager de en felles forbindelse til fortiden som har formet dem på forskjellig vis.
Regissør Gregg Araki taler her med en mer voksen stemme enn tidligere, men uten å skuffe gamle fans. Filmen er brutalt ærlig, og har fått mye oppmerksomhet for sin fremstilling av pedofili, men først og fremst er det en realistisk historie om to gutter med et tragisk utgangspunkt.