I over 18 år har det pågått en borgerkrig i det nordlige Uganda, nesten helt ubemerket av resten av verden. Opprørerne i LRA (Lord’s Resistance Army) står bak en blodig geriljakrig. De har bortført og gjort barn til soldater og tvunget dem til å drepe sitt eget folk. Filmen Lost Children dokumenterer livet til fire barn fra 8 til 14 år som klarte å rømme fra LRA. De returnerer hjem hvor de blir stemplet som drapsmenn. Klarer de å glemme, vil de bli tilgitt og kan du noen gang bli barn igjen etter å ha vært soldat? Dokumentaren avslører smertelige sannheter rundt borgerkrigen i Uganda. Filmskaperne besøkte krigssonen fire ganger, og de har observert barn som har rømt fra LRA som har skildret hva som skjer når de forsøker å reintegrere seg med sitt eget folk. Siden begge regissører opplevde krig i sin barndom har de valgt å fortelle historien gjennom et barns perspektiv.